Lewis Sperry Chafer est né à Rock Creek, Ohio, fils de Thomas Franklin Chafer, un pasteur congrégationaliste. Il est diplômé de l'Oberlin College (Ohio) en 1892. À l'automne de 1889, suivant les traces de son père, Chafer a commencé un ministère de deux ans comme vicaire dans la Première Eglise congrégationaliste de Buffalo. La première année a été un apprentissage en vue de son ordination formelle en tant que ministre de la (presbytérienne) communauté de la Congrégation, qui a eu lieu en Avril de 1900.

Chafer engagé dans les voyages d'évangélisation de 1901-1914 au cours de laquelle il a maintenu une ferme près de Northfield, Mass. et a participé aux conférences annuelles Northfield Bible. Grâce à ces conférences, Chafer rencontra des évangélistes éminents des deux côtés de l'Atlantique, dont G. Campbell Morgan, FB Meyer, AC Gaebelein, James M. Gray, et WH Griffith Thomas. Son contact le plus important était de CI Scofield, alors pasteur de l'Eglise congrégationaliste trinitaire, l'église de Moody, à Northfield.

Grâce à son association étroite avec Scofield, Chafer s'est confirmé dans la théologie dispensationnelle, et en 1913 il a aidé Scofield dans la fondation de l'école de Philadelphie de la Bible, où il a servi en tant que conférencier Bible 1914-1922. En 1924, après avoir déménagé à Dallas pour le pasteur de la Première Église congrégationaliste. Ici, avec son ami Thomas Griffith, il co-fonde le Collège de théologie évangélique (maintenant Dallas Theological Seminary). Chafer a été le président et professeur de théologie systématique jusqu'à sa mort.

Chafer a reçu un DD de Wheaton (1926), Litt.D., Dallas (1924), et Th.D. de Aix-en-Provence, France, séminaire protestant (1946). Il a écrit abondamment et est surtout connu pour son livre intitulé populaire grâce (1922) et son magnum opus huit volumes théologie systématique (1948).