Dans les années 1600, John Blackthorne, un navigateur anglais qui a rêvé d'accomplir le tour du monde, aborde aux côtes du Japon. Et pour lui l'aventure commence dans ce pays inconnu, mystérieux, en proie à de sauvages divisions féodales tandis que s'accomplit l'irrésistible ascension de Toranaga - qui deviendra Shôgun, c'est-à-dire le dictateur, le maître du Japon. D'une foule de personnages infiniment vivants et divers - pères jésuites, guerriers, prostituées - se détache la figure de la très belle Mariko, épouse d'un samouraï et qui s'éprend de Blackthorne. Ils vivront ensemble un amour enveloppé de guet-apens, d'intrigues cruelles et d'assassinats.
Dans cette vaste saga, deux civilisations s'affrontent. Le Japon révèle aux yeux d'un Occidental tous ses contrastes : sa férocité et les rites de sa politesse, les raffinements de son érotisme et sa fascination de la mort.