Face à la naissance du protestantisme au xvie siècle, l'Eglise catholique a développé deux stratégies : la lutte contre la réforme ; la transformation du catholicisme. Une institution semble résumer ces deux politiques : la Compagnie de Jésus, qui mène des missions contre les protestants, participe à des controverses, créé des collèges pour former l'élite catholique... Mais placer "protestants" et "jésuites" dans un affrontement systématique est un des a priori de l'historiographie qui a été mis en place dès le xvie siècle. Mais, bien qu'elle ait été régulièrement reprise et développée, cette opposition est en grande partie fausse, et d'abord parce que l'objectif premier de la Compagnie de Jésus n'est pas la lutte contre le protestantisme, mais la rénovation de l'Eglise grâce à une nouvelle spiritualité, une spiritualité d'ailleurs en partie commune à Luther et aux réformateurs protestants, ce que les historiens et les théologiens redécouvrent depuis quelques dizaines d'années "protestants" et Cet ouvrage, issu des sixièmes journées d'études organisées en par le Conseil scientifique de la Collection jésuite des Fontaines avec le concours du Laboratoire de Recherche Historique Rhône-Alpes, entend dépasser ces a priori qui ne reposent que sur la volonté de simplifier les choses ou sur un cloisonnement des études, puisque l'historiographie a l'habitude d'envisager séparément les jésuites ou les protestants. Tout en accordant malgré tout une part importante aux diverses formes de concurrence et d'affrontement, les différents contributeurs montrent également les similitudes et les rapprochements sur un temps long, du xvie au xxie siècle, à travers des cas précis.