La Correspondance de Bèze est avant-tout un recueil de documents historiques sur la fin de XVIe siècle. Mais on y trouve aussi de la théologie, comme ce petit traité de la Justification destiné au médecin Crato dans le tome précedent, et ici les réactions des amis (Crato lui-même, Morau) à ce traité où l'on touche du doigt la différence entre la théologie et la cure d'âme. Au reste l'année 1585 est celle où la Ligue se déchaîne en France : le roi saura-t-il résister à ces rebelles ? se dit Bèze. Et de constater qu'hélas non : il leur cède tout. Il leur sacrifie l'édit de religion, en interdisant purement et simplement tout protestantisme en France. Le Midi aussitôt se rebelle et c'est la “Guerre des trois Henri”. Le pessimisme l'emporte : la conjuration générale des papistes apparaissant partout, organisée par les jésuites, qui sévissent même en Suisse : c'est sous leur influence que s'installe une imprimerie à Fribourg, dont le premier livre sera un brûlot anti-réformé, les “Œuvres” du Père Jean Hay auxquelles Bèze prépare une réponse.