Attaché à la suite de M. de La Thuillerie, ambassadeur extraordinaire au Danemark, puis à la maison du prince de Condé — dont il deviendra le bibliothécaire — Lapeyrère est chargé de nombreuses missions dans plusieurs pays européens. Méridional rieur, huguenot gaillard, « grand liseur, grand amateur de singularités, inventeur d'un système d'orthographe phonétique, historien, ethnographe avisé, il met dans la recherche un zèle si ardent et si original qu'il semble ne pouvoir se satisfaire que dans le paradoxe ou l'hérésie » (R. Pintard). Il s'attache tout particulièrement à l'étude des premiers livres de la Bible et à l'histoire du peuple juif. Il publie en 1643, sans nom d'auteur, Du rappel des Juifs où il proclame la possibilité d'un grand rassemblement des Juifs et des chrétiens et préconise, en vue de cet événement, un retour aux croyances de l'Église primitive. Il avait déjà entrepris un autre ouvrage dont on parlait beaucoup, mais Richelieu en interdit la publication (que par ailleurs ses amis lui déconseillent), les Preadamitae — qui paraîtront (toujours sous le couvert de l'anonymat) aux Pays-Bas en 1655. Lapeyrère y soutient qu'Adam n'est pas le premier homme, que d'autres ont habité la terre avant lui et que d'eux procèdent tous les peuples autres que le peuple juif : hypothèse hardie qui, mettant en doute l'authenticité des livres mosaïques, bouleverse l'exégèse traditionnelle et la représentation reçue jusque-là de l'histoire universelle. Le livre est bientôt condamné et son auteur emprisonné. Il n'obtiendra sa libération qu'en allant à Rome abjurer le protestantisme et se rétracter. Mais des lettres et une Apologie où il tente de se justifier permettent de mesurer la portée de ce reniement : il ne veut plus professer une opinion contraire aux dogmes de l'Église à laquelle il s'est rallié, mais jusqu'à sa mort cet audacieux et « impénitent fabricateur de systèmes » (R. Pintard) restera intimement fidèle aux thèses qu'il a avancées et qui marquent, dans l'histoire de la critique biblique, une étape décisive.