Depuis 1999, Valentine Zuber est Maître de Conférences à l’Ecole Pratique des Hautes Etudes sur une chaire intitulée « Sociologie des religions et de la laïcité ». Membre du Conseil scientifique de l’EPHE, elle est aussi membre du Bureau et responsable scientifique du site Web de l’Institut Européen en Sciences des Religions (IESR-EPHE).
Ses recherches portent principalement sur l’histoire des idées religieuses et laïques aux XIXe-XXIe siècles. Ainsi elle a pu étudier l’histoire de la tolérance religieuse dans l’Europe moderne et contemporaine et confronter en terme de perspectives comparatistes les phénomènes de sécularisation et de laïcisation dans le monde occidental. Plus récemment ses recherches se sont attachées à la reconstitution généalogique de l’idéologie des droits de l’homme dans la pensée occidentale.