Jean-François Gilmont est né à Tervueren en Belgique, le 30 mars 1934. Il épouse Martine Jacobs le 19 décembre 1964. Il est le père de trois filles: Anne (1965), Béatrice (1977), Sophie (1979). Après des humanités gréco-latines (1944-1950), il entre dans la Compagnie de Jésus, ordre qu'il quitte en 1964. Durant ces années, il acquiert une licence en philosophie (Eegenhoven-Louvain, 1957) et une licence en histoire ecclésiastique (Rome, 1962). Dans la suite, il obtient à l'Université Catholique de Louvain (UCL) un doctorat en histoire (1977) et le diplôme d'Agrégé de l'enseignement supérieur (1997).

Il est engagé dans le personnel scientifique de l'UCL en 1968. Il y devient Conservateur de la bibliothèque de théologie en 1977. Après une mission de deux ans à Genève pour publier la bibliographie des œuvres de Calvin éditées au 16e siècle (1989-1991), il rentre à Louvain-la-Neuve comme Conservateur à la Bibliothèque Générale et de Sciences Humaines.

Bien qu'il ne soit nommé chargé de cours à temps partiel qu'en 1992, il enseigne depuis 1975: l'heuristique en sciences religieuses (1975-1989), l'histoire du livre et de la lecture (1984-1989 et 1991-2000), un cours sur les origines historiques de la civilisation occidentale (1993-1999), l'histoire de l'humanisme (1995-1999). Il est admis à l'éméritat le 1er avril 1999.

Il est spécialisé dans l'histoire du livre et de la lecture, spécialement celle du livre réformé au 16e siècle. Ses travaux l'ont conduit à s'intéresser à l'analyse physique des livres (bibliographie matérielle). Il a publié des études sur l'éditeur Jean Crespin et sur les publications de Jean Calvin, sur l'histoire du livre réformé au 16e siècle. Il a dirigé des ouvrages collectifs sur l'importance du livre dans la diffusion de la Réforme et sur la Réforme de langue française avant Calvin.

Il a été Président de l'Association Professionnelle des Bibliothécaires et Documentalistes de 1984 à 1988 et membre du Comité de rédactions de diverses revues (Revue d'histoire ecclésiastique, 1983-1987 ; Lectures, 1984-1999 ; Cahiers de la documentation, 1987-1989 ; Nederlands Archief voor Kerkgeschiedenis, 1992-1999; Quærendo, 1994-1998).

En 2004, il est élu membre de l'Académie Royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique dans la classe des Lettres.