Né à Agen au sein d’une famille protestante en 1919, bachelier ès lettres en 1937, Jean Brun étudie ensuite à la Sorbonne ; il passe son agrégation de philosophie en 1946, après le temps difficile de la Seconde Guerre mondiale. Il enseigne alors à Nîmes, Bordeaux, à l’Institut français à Londres, où il a passé six années, et, finalement, en région parisienne comme professeur de français et de philosophie. En 1955, il commence une thèse de doctorat ès lettres, qu’il soutiendra en 1961. Celle-ci est intitulée Les conquêtes de l’homme et la séparation ontologique. Il écrira aussi une thèse sur La main et l’esprit, concernant le prendre et le comprendre. Il sera professeur honoraire de l’Université de Mayence, en Allemagne, et devient, enfin, directeur du département de philosophie à l’Université de sciences humaines de Dijon. Il sera membre de l’Académie des sciences, arts et belles lettres de Dijon. Il a été professeur associé de la Faculté libre de théologie réformée d’Aix-en-Provence dès son démarrage. Il écrit de multiples articles et a donné des conférences ; il se déplace en Europe, en Amérique, en Afrique, à Jérusalem… Marié, avec un enfant, il est passionné d’art, et se fait connaître par ses ouvrages sur les philosophes grecs, sur l’histoire de la philosophie et par plusieurs autres livres, où il exprime sa passion de la vie et son combat de philosophe et de chrétien.

Il a écrit une trentaine d’ouvrages ; réputé pour sa verve acérée, il a marqué le monde protestant, lui-même éludant scrupuleusement les catégories. Après sa disparition en 1994, le journal local de Dijon a titré « Dijon a perdu son philosophe ».